Nella prima metà dell’Ottocento era molto sentita ovunque negli Stati Italiani la preoccupazione per la conservazione dei documenti e delle memorie storiche e per la pubblicazione delle fonti: per primo il re di Sardegna Carlo Alberto creò nel 1833 un apposito organismo di natura statale, la Regia Deputazione sovra gli Studi di Storia Patria. Così in molte città italiane: non così invece in Lombardia, dove la cura istituzionale degli studi venne mantenuta, dopo la guerra del 1859, dalla Deputazione piemontese. L’élite culturale lombarda visse con crescente disagio questa situazione e alla fine del 1873, Cesare Cantù, allora direttore dell’Archivio di Stato di Milano, lanciò la proposta della fondazione di una Società per lo studio della storia lombarda. A lui si unirono, in una dichiarazione formale, dodici soci: Girolamo d’Adda, Matteo Benvenuti, Bernardino Biondelli, Carlo Casati, Giuseppe Greppi, Carlo Morbio, Damiano Muoni, Ettore Ponti, Angelo Porro, Giulio Porro Lambertenghi, Luigi Sada, Giovanni Visconti Venosta. In breve tempo altri membri si unirono e il 30 dicembre 1873 venne approvato lo Statuto della Società Storica Lombarda.
Le adesioni da parte di esponenti di spicco del mondo culturale e politico cittadino furono numerose e già nel 1874 fu pubblicato il primo numero del periodico «Archivio Storico Lombardo. Giornale della Società Storica Lombarda».
La rivista si prefiggeva in particolare il compito di pubblicare documenti, trascrizioni, dati, regesti, bollettini ovvero le fonti documentarie alla base della ricerca e necessarie alla sintesi storica. La sede della Società fu stabilita presso l’Archivio Storico Civico in San Carpoforo e dal 1897 al Castello Sforzesco, occupando via via alcuni locali nel cortile della Rocchetta, poi presso la Torre del Filarete e nella Cortina di Santo Spirito. La Deputazione piemontese e la Società Storica Lombarda continuarono a vivere separatamente ma con spirito di collaborazione. Dopo l’erezione in ente morale nel 1907, la Società ebbe un importante cambiamento nel 1935, quando dovette adeguarsi alle disposizioni emanate dal governo. Si stabilì che le Regie Deputazioni di Storia Patria (e tale denominazione fu acquisita anche dalla Società Storica Lombarda) diventassero organi periferici della Giunta Centrale per gli Studi Storici, alla quale dovevano sottoporre i progetti di lavoro, e che alcuni deputati proposti dal Ministero dell’Educazione Nazionale e di nomina regia entrassero nell’organigramma degli enti. Una sorta di nazionalizzazione. Attualmente le Deputazioni e Società assimilate (in tutto trenta) continuano la loro attività nei capoluoghi, nella cornice della Giunta Centrale per gli Studi Storici.
Nel 1947 la Società riacquistò la propria autonomia e si avviò una decisiva fase di riorganizzazione, confluita nel 1952 con l’approvazione del nuovo statuto che, oltre a regolamentare le attività della Società, mirò a non disperdere il patrimonio culturale e di competenze accumulatosi nei decenni precedenti. L’ente ottenne, anche con il favore del Comune di Milano e del Centro Nazionale Studi Manzoniani, una nuova e prestigiosa sede nella casa del Manzoni, in via Morone 1, dove già aveva trovato casa il Centro Nazionale di Studi Manzoniani. Con il sorgere e il rafforzarsi di nuovi centri di studio (in particolare le università milanesi e lombarde) la Società Storica seppe adattare le sue funzioni integrandosi con flessibilità nel sistema culturale. Oggi la Società Storica Lombarda conserva intatta la natura privata e lo spirito originario su cui si innestano le novità imposte dal volgere del tempo. Il trasferimento nel 2013 presso la Biblioteca Nazione Braidense, grazie a un accordo di valorizzazione con gli organi Ministeriali, ha sollecitato un impulso efficace e prezioso.